1626年，朝廷对郑芝龙集团进行第一次招安，郑芝龙接受了，不久之后，由于手底下兄弟们都不适应在朝廷受拘束的日子，他们过惯了在海上称王称霸自由自在的日子，因此，郑芝龙不久就又叛逃了。
1628年，朝廷第二次对郑芝龙集团进行招安，并授予郑芝龙“游击”一职。
郑芝龙开始为明朝打海盗，干掉了海上的数名海盗。
1629年，大海盗李魁奇进犯金门，金门可是快肥的流油的地儿啊，郑芝龙早就想要那块儿地儿了。郑芝龙引兵攻击李魁奇，大败之，李魁奇落荒而逃，逃亡路上被明朝官兵活捉。
1631年，郑芝龙攻打另一个大海盗钟斌，钟斌大败，无路可逃，最终跳海自杀。
海上几大海盗势力都被郑芝龙消灭的差不多了，明朝政府很是看好郑芝龙，给了郑芝龙极大的官方支持。
这时候，在海上，能与郑芝龙集团抗衡只剩下了荷兰人和海盗刘香的联军。
郑芝龙两次与荷兰人大战，第一次在澎湖与荷兰有过一场大战，此战，荷兰人大败而逃，狼狈不堪，一名荷兰军官和数百名荷兰士兵还有海盗被俘，郑芝龙名声大噪。
1633年，郑芝龙与荷兰人与刘香的联军于料罗湾，此战荷兰人动用几十艘配有最新式加农炮的战舰，这是当时荷兰人在亚太地区的最强武力，即便如此强力的武力，依然不是郑芝龙的敌手。
郑芝龙命人用铁钩钩住了荷兰人的战舰，再用火烧之。荷兰与刘香的联军大败。此战，荷兰士兵有一百多人被生擒，数千人战死或被烧死，五艘战舰被焚烧，一艘战舰被缴获，五十多艘小船被烧毁。与荷兰人一起的刘香落荒而逃。
崇祯八年，郑芝龙与刘香在广东周边的海上再次遭遇，这也是他们的终极一战。
这一战，刘香异常凶狠，郑芝龙的弟弟郑芝虎也死于此战。战斗最激烈时，郑芝龙的弟弟与刘香拿着刀对砍，刘香自幼武艺高强，一把大刀耍的虎虎生风，郑芝虎也不弱，两人打的难解难分，郑芝龙的军队将刘香团团围住，刘香知道自己这次是逃不了了，横着竖着都是死，死也拉个垫背的，他一刀砍死了郑芝龙，然后自己点火药自爆而王。
从此以后，海上再也没有能够与郑芝龙相抗衡的势力，海上就是郑芝龙的帝国，来往经商的船只都必须要给郑芝龙进贡，才能取得郑芝龙的令旗，才可以在大海上畅通无阻。从此荷兰人每年都得向大明缴纳12万法郎的进贡，才可以保证在南洋水域的安全，这对当时欧洲的海上霸主荷兰来说，无疑是一种极大的羞辱。
1640年，郑芝龙被崇祯皇帝任命为福建总兵，并统管海外贸易，郑芝龙从中赚取了大把大把的利润，再从这些利润中拿出一部分上缴给朝廷，这样一来崇祯皇帝也高兴。
虽然郑芝龙已经是朝廷的总兵，但是钱谦益这种文人，是看不起这种海盗出身的武官。不过，郑芝龙有钱，这一点钱谦益倒是不嫌弃。
本来郑芝龙想培养郑成功成为总兵的接班人，但是少年郑成功却偏偏喜欢“青春作赋，皓首穷经”，对诗文很感兴趣，他文学才能也不错，十四岁就考中秀才，又经过考试，成为了南安县二十位“廪膳生”之一，被送入南京国子监深造。
郑芝龙花了血本，重金把他送到江浙名儒钱谦益门下；钱谦益见钱眼开，对郑成功还算照顾，替他起“大木”之别字，寓意栋梁之才。
即便如此，听说崇祯皇帝要亲自去国子监见郑成功，钱谦益还是觉得不可思议。但是袁嘉升很清楚自己要干什么，他要重建大明水师，除了是开海禁的需要，还与一个目的，就是想从海上干掉满清，收付辽东，将来还要殖民南洋，干掉日本幕府，这些没有郑氏家族的支持，是很难办到的。